DSpace at Tartu University Library

Vom Adel

Title: Vom Adel

Authors: Kotzebue, August

Genetic structure of the Estonian population and genetic distance from other populations of European descent

Title: Genetic structure of the Estonian population and genetic distance from other populations of European descent

Authors: Nelis, Mari

Abstract: The popularity to find the genes causing the common complex diseases has increased markedly in recent years. The complex diseases such as cardiovascular disorders, hypertension, various cancers, diabetes or asthma, are difficult to study since many genes contribute to the disease. One way to study the complex diseases is to use the population based association studies, in case the allele frequency of genetic markers is compared between the cases (diseases carrying individuals) and controls (disease non-carriers). Often, variations in a single population are of insufficient frequency to provide an adequate number of individuals for a study, and individuals from various nationalities are used in one study. As the differences in allele frequencies between cases and controls may be caused by systematic differences in ancestry, rather than by the association of genes with the disease, the population stratification should be tested carefully before data analysis.In the current Ph.D. thesis I have studied three aspects that influence the performance of the whole-genome association studies, such as marker selection, the informativeness of the used commercial genotyping chips, and also characterized the genetic structure inside Estonian population and between other European populations.HapMap database, initially based on genotyping data of four populations (Europe, China, Japan and Africa), is a good start to select the markers for the association study. The analyses showed that markers (tagSNPs) selected from the HapMap European sample, capture most of the variation in the Estonian sample (90-95% of the common SNPs). Still, it is possible to use the commercial chips in association studies. Two main companies, Affymetrix and Illumina produce whole-genome genotyping chips. As the strategy of marker selection is different between these companies, the Illumina chips perform better in Estonian sample as the markers are selected from the HapMap European population dataset. Further, the genetic structure of Estonian population and the distance from other European populations was studied using the principal component analysis of genotype data of more than 270,000 SNP markers of 3112 individuals from Europe. The analysis yielded a genetic structure map of Europe in which two first principal components highlight genetic diversity corresponding to a northwest to southeast gradient, and position the populations according to their approximate geographic origin. The results of this thesis demonstrate that Estonian samples can be analyzed with most other European samples, with the exception of the isolates (Kuusamo) identified here and the southernmost Europeans, without great loss of study power.; Üha rohkem pööratakse tähelepanu inimpopulatsioonis levivate sagedaste haiguste tekkes osalevate geenide väljaselgitamisele. Sagedased haigused on südame- ja veresoonkonnahaigused, kõrgvererõhutõbi, erinevad kasvajad, diabeet, astma, mille geneetilise tagapõhja uurimisele on keskendunud tuhandeid inimesegeneetikuid. Üheks levinumaks meetodiks haiguste tekkes osalevate geenipiirkondade leidmiseks on kogu genoomi hõlmavad juht-kontrolluuringud, kus võrreldakse erinevate geenipiirkondi kirjeldavate markerite sagedust juhtudel (haigust kandvatel indiviididel) ja kontrollgrupil (uuritavat haigust mittekandvatel indiviididel). Selliste uuringute läbiviimiseks on vaja enamasti tuhat kuni paarkümmend tuhat juhtu ja kontrollindiviidi. Sageli ei ole võimalik ühest populatsioonist uuritavate indiviidide arvu kokku saada ning uuritav grupp tuleb kokku panna erinevatest rahvustest pärit indiviididest. Selleks, et välistada populatsioonide-vahelisest erinevusest tulenevat uuritavate markerite sageduste erinevust haigusega seotud markerite sageduste erinevusest juhtude ja kontrollide vahel, tuleb eelnevalt kindlaks teha populatsioonide geneetiline erinevus (kaugus) üksteisest.Oma doktoritöös käsitlen kolme aspekti juht-kontrolluuringute läbiviimisel Eesti ning laiemalt Euroopa populatsioonides, milleks on uuritavate markerite valimine, kommertsionaalsete geenikiipide sobivuse testimine Eesti populatsiooni uurimiseks ning populatsioonide geneetilise erinevuse mõju hindamine juht-kontrolluuringu tulemustele. Markerite valimiseks kasutasin algselt nelja populatsiooni (Euroopa, Hiina, Jaapan ja Aafrika) genotüpiseerimise andmete põhjal koostatud HapMap andmebaasi. Kõige paremini kirjeldavad, umbes 90-95%, Eesti populatsioonis esinevatest sagedastest markeritest just HapMap Euroopa päritolu populatsiooni põhjal valitud markerid (tagSNPd). Samas on heaks võimaluseks kasutada juht-kontrolluuringutes juba olemasolevaid kommertsionaalseid geenikiipe, millega on võimalik genotüpiseerida umbes miljon markerit ühel indiviidil. Hetkel on turul kahe suurema firma, Affymetrix’i ning Illumina geenikiibid. Kuna firmad kasutavad erinevaid strateegiaid markerite valimiseks, osutusid Eesti populatsiooni kirjeldamisel paremaks Illumina geenikiibid, kus on kasutatud HapMap Euroopa populatsiooni põhjal valitud markereid. Edasi uurisin Eesti geneetilist struktuuri ja hindasin geneetilist kaugust teistest Euroopa populatsioonidest. Kasutades peakomponentanalüüsi, mis hindab indiviidide geneetilist erinevust üksteisest, koostasin 3112 indiviidil genotüpiseeritud 270,000 SNP markeri andmete põhjal Euroopa geneetilise struktuuri iseloomustava kaardi. Peakomponentanalüüsi kaks esimest komponenti lahutavad Euroopa populatsioonid loode-kagu suunaliselt vastates populatsioonide geograafilisele asendile. Eesti populatsiooni suhteliselt ühtlane geneetiline struktuur annab hea eelise komplekshaiguste kaardistamiseks juht-kontrolluuringus. Samuti on hea koostööd teha teiste Euroopa biopankadega, sest suurem osa Euroopa populatsioonidest, välja arvatud geneetilised isolaadid ning Euroopa lõunapoolsemad populatsioonid, on geneetiliselt sarnased Eestiga ning tulenevalt populatsioonide erinevuste korrigeerimisest andmete analüüsimisel on uuringu võimsuse kadu minimaalne.

Description: Väljaande elektroonilisest versioonist puuduvad publikatsioonide täistekstid.

Cardiovascular health-related nutrition, physical activity and fitness in Estonia

Title: Cardiovascular health-related nutrition, physical activity and fitness in Estonia

Authors: Villa, Inga

Abstract: The present study was designed to assess the prevalence of cardiovascular disease lifestyle risk factors such as diet and physical activity in children and adolescents as well as to investigate the associations of these factors with overweight/obesity and the associations of cardiovascular fitness with metabolic risk.From the results it could be concluded that although healthy and positive tendencies in dietary intake occurred in schoolchildren in Estonia, still an overconsumption of fats and saturated fatty acids was observed over the observed time period and the consumption of fibre and some vitamins and minerals in schoolchildren was below suggested recommendations. The finding that differences in dietary intake between under-, normal- and overweight Estonian and Swedish schoolchildren were country-specific suggests that local dietary habits should be considered in intervention projects addressing overweight. In both Estonia and Sweden the association between body mass index (BMI) and biological factors, such as pubertal maturation and parental BMI, was stronger than between BMI and diet. α2A-Adrenoceptor gene C-1291G polymorphism had a significant effect on the consumption of sweet food products. Further research should address the issue whether or not this genotype-dependent dietary preference can be tracked to adulthood, and bring about consequences to health. The percentage of adults involved in physical activity was remarkably lower in the Baltic countries than in Finland, but no clear country difference was observed in the participation in leisure time PA among schoolchildren between the Baltic countries and Finland. Cardiovascular fitness (CVF) was associated with clustering of metabolic risk factors in children. A lower metabolic risk score was associated with higher levels of CVF in both boys and girls. The CVF levels for having a low metabolic risk have been suggested for both genders.; Käesoleva töö eesmärk oli hinnata südame-veresoonkonnahaiguste riskitegureid, nagu toitumine ja kehaline aktiivsus, lastel ja noorukitel, samuti uurida nende riskitegurite seoseid ülekaalulisuse/rasvumisega ning kardiovaskulaarse võimekuse seoseid metaboolse riskiga. Töö tulemustest võis järeldada, et kuigi Eesti koolilaste toitumises võis täheldada tendentsi tervislikumate valikute poole, esines uuritud ajaperioodil siiski lipiidide ja küllastunud rasvhapete liigtarbimist ning toit sisaldas vähe kiudaineid, mõningaid vitamiine ja mineraale. Toitumise erinevused ala-, norm- ja ülekaaluliste Eesti ja Rootsi kooliõpilaste vahel olid riigiomased, mis viitab sellele, et ülekaalulistele isikutele suunatud sekkumisprojektide kavandamisel tuleb arvesse võtta kohalikke toitumisharjumusi. Laste kehamassiindeksi ning suguküpsuse ja vanemate kehamassiindeksi omavaheline seos osutus tugevamaks kui seos toitumisega nii Eesti kui ka Rootsi laste puhul. α2A-adrenoretseptori genotüüp omas märkimisväärset mõju magusate toiduainete tarbimisele. Täiendavad uuringud peaksid välja selgitama, kas see genotüübist sõltuv toidueelistus püsib täiskasvanuikka jõudmiseni ja kas see võib avaldada mõju tervisele. Ülevaade kehalise aktiivsuse olukorrast Baltimaades ja Soomes näitas, et kehaline aktiivsus oli täiskasvanute hulgas Baltimaades oluliselt madalam kui Soomes. Koolilaste vaba aja kehalises aktiivsuses selget erinevust Baltimaade ja Soome vahel ei ilmnenud. Kardiovaskulaarne võimekus seostus metaboolsete riskitegurite klastriga lastel. Madalam metaboolse riski skoor seostus kõrgema kardiovaskulaarse võimekusega nii poistel kui ka tüdrukutel. Madala metaboolse riski jaoks said antud soovitused kardiovaskulaarse võimekuse tasemete kohta eraldi poistele ja tüdrukutele.

Description: Väljaande elektroonilisest versioonist puuduvad publikatsioonide täistekstid.

Possessiivsuse väljendamise viisid tänapäeva eesti ja sürjakomi keeles

Title: Possessiivsuse väljendamise viisid tänapäeva eesti ja sürjakomi keeles

Authors: Sazhina, Natalya

Luxembourgi ja Strasbourgi kohtunike ametisse nimetamise protsessi võrdlus : kui sõltumatu on Euroopa kohtunik?

Title: Luxembourgi ja Strasbourgi kohtunike ametisse nimetamise protsessi võrdlus : kui sõltumatu on Euroopa kohtunik?

Authors: Tralla, Helen

Abstract: Kohtunike ametisse nimetamise protsess, omab tähtsust kahest aspektist vaadatuna. Esiteks mõjutavad kohtunike ametisse nimetamise protseduurid otseselt kohtunike sõltumatust ja erapooletust, kuna mistahes kohtuinstitutsiooni seaduslikkus (legitiimsus) ja usaldatavus sõltub avalikkuse kindlustundest selle institutsiooni sõltumatuse suhtes.Teiseks tekib ilma professionaalsel kvalifikatsioonil põhinevate objektiivsete ja selgete kriteeriumite efektiivse rakendamiseta reaalne oht, et ametisse määratud kohtunikel ei ole nende ametikohale vastavaid oskusi ja võimeid. Eesti on nii Euroopa Liidu liige kui ka Euroopa Inimõiguste Konventsiooni (EÕIK) osalisriik, on aktuaalsed küsimused riigiülese kohtuniku sõltumatusest valitsuse ja poliitiliste jõudude mõjudest ning riigiülese kohtuniku pädevusest. Töö peaeesmärgiks on välja selgitada, millises süsteemis on läbi kohtunike valiku ja ametisse nimetamise protsesside tagatud paremini kohtunike sõltumatus, erapooletus ja pädevus.Magistritöös teostatud analüüsi tulemusena selgus, et kohtuvõimu sõltumatuse tagab EIÕKohtu kohtunikukandidaadi valiku ja ametisse nimetamise süsteem paremini kui Euroopa Kohtu kohtunikukandidaadi valiku ja ametisse nimetamise süsteem. Kuigi samalaadselt Euroopa Liidu õigusega ei sekku siseriiklikusse menetlusse ka EIÕK ning üksikute eranditega on enamus EIÕK osalisriikide menetlusprotsesse poliitilised ja kõrvaltvaatajale ebaselged, on Euroopa Nõukogu tasandil olemas arvestatav kontrollmehhanism alamkomitee näol, kes kontrollib siseriikide poolt Euroopa Parlamentaarse Assamblee (ENPA) juhiste täitmist ning kelle pädevuses on ka teha ettepanekud ENPA-le nimekirjade tagasilükkamiseks juhul kui need ei vasta ENPA juhistele.

Description: Teadusmagistritöö

Depression-like phenotype and altered intracellular signalling in neural cell adhesion molecule (NCAM)-deficient mice

Title: Depression-like phenotype and altered intracellular signalling in neural cell adhesion molecule (NCAM)-deficient mice

Authors: Aonurm-Helm, Anu

Abstract: Recent hypothesis of the pathogenesis of depression links the development of this disease with reduced brain plasticity. In the central nervous system, plasticity and connectivity in the brain are mediated by the neural cell adhesion molecule (NCAM) and its polysialylated form PSA-NCAM. Therefore, according to the plasticity theory of depression, NCAM may have a crucial role in the development of this condition. NCAM is able to bind a series of counter-receptors including fibroblast growth factor receptor (FGFR), and through the binding, activate the downstream signalling pathways, which all lead to the activation of cyclic-AMP-response element binding protein (CREB). The aim of this study was to investigate whether mice with the constitutive deficiency in NCAM exhibited dysfunctional neuronal plasticity and whether it results in the depressive-like phenotype. By using NCAM-deficient mice, NCAM interaction partners and downstream signalling pathways were studied in detail. Also was investigated, whether a synthetic peptide FGL, which mimics the actions of NCAM, is able to reverse emerged disturbances and restore the activation of intracellular signalling cascades in these animals.The results showed that NCAM deficient mice do have depression-like phenotype accompanied with reduced adult hippocampal neurogenesis. Also was seen the reduction in the activation of NCAM interaction partner FGFR and in downstream signalling pathways like calcium-calmodulin dependent kinases II and IV (CaMKII and IV) and CREB in NCAM-deficient mice. FGL peptide was able to ameliorate the signs of depressive-like behaviour, increase the neurogenesis and furthermore, FGL peptide restored the activation levels of FGFR, CaMKII, CaMKIV and CREB. The ability of FGL to modulate the levels of phosphorylated interaction partners and intracellular signalling pathways might partly explain antidepressant-like properties of the peptide.; Üks viimaseid hüpoteese depressiooni patogeneesis seob selle haiguse tekkemehhanismid vähenenud aju plastilisusega. Kesknärvisüsteemis on peamisteks aju plastilisuse kujundajateks närviraku adhesioonimolekul (NCAM) ja tema polüsiaalhappega seotud vorm (PSA-NCAM). Sellest lähtuvalt võiks olla NCAM seotud depressiooni tekkemehhanismidega. Eelnevalt on näidatud, et NCAM on võimeline seostuma ka paljude rakupinna molekulidega ja sealtkaudu vahendama rakusisest signaaliülekannet. Üheks olulisemaks interaktsioonipartneriks NCAM’le on fibroblastide kasvufaktori retseptor (FGFR). Omavahelise seostumise kaudu käivitavad nad mitmeid signaalradu, mis kõik viivad transkriptsioonifaktor CREB aktiveerumiseni.Antud töö eesmärkideks oli selgitada, kas hiirtel, kellel puuduvad kõik NCAM isovormid, võiks esineda depressiooni-sarnane fenotüüp, muutused täiskasvanuea neurogeneesis ja häireid NCAM interaktsioonipartnerite ja NCAM-vahendatud rakusiseste signaalradade aktivatsioonis. Samuti hinnata FGL peptiidi toimet esinevatele muutustele.Töö tulemused näitasid, et NCAM-defitsiitsetel hiirtel esineb depressiooni-sarnane fenotüüp, millega kaasneb ka langenud täiskasvanuea hipokampaalne neurogenees. Samuti esinesid muutused FGFR, kaltsium-kalmoduliin sõltuvate kinaaside II ja IV (CaMKII ja IV) ning CREB aktivatsioonis nendel loomadel. FGL peptiid oli võimeline kõrvaldama kõiki esinevaid muutusi. Kuna FGL peptiid on võimeline aktiveerima NCAM interaktsioonipartnerit, FGFR’i ja alanevaid signaalradu, võiks see osaliselt seletada ka tema antidepressiivset efekti.

Description: Väitekirja elektroonilisest versioonist puuduvad publikatsioonide täistekstid.

Talveseminari kava

Title: Talveseminari kava

EOD töötuba

Title: EOD töötuba

Authors: Kiisa, Krista

eBooks on Demand-EOD

Title: eBooks on Demand-EOD

Authors: Kiisa, Krista; Luštšik, Maria

Estica portaal: perspektiive ja võimalusi

Title: Estica portaal: perspektiive ja võimalusi

Authors: Lõhmus, Maarja